سقائیان نژاد در سال 1382 از سوی شورای دوم شهر اصفهان به عنوان شهردار این کلانشهر انتخاب شد و تاکنون این مسئولیت را بر عهده داشته است؛ وی پیش از این رییس دانشگاه صنعتی اصفهان بوده است. مرتضی سقاییان نژاد دارای مدرک دکترا در رشته مهندسی برق گرایش ماشینهای الکتریکی از آمریکاست.